Genotipificar o genotipar se entiende como el proceso de caracterización genética específica de un organismo biológico, esto mediante la determinación del genotipo o variantes genéticas presentes.
La forma más común de variación genética son los polimorfismos de un solo nucleótido o SNP, además de las variaciones en número de copias - CNV, y/o los cambios estructurales en el ADN como inserciones y deleciones (indels).
De manera general, son 3 las técnicas que permiten determinar el genotipo de un organismo: la PCR cuantitativa o qPCR, los microarreglos y la secuenciación de siguiente generación. Los alcances y los desafíos de éstas técnicas experimentales se presentan a continuación:
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Alcances |
Desafíos |
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qPCR |
Flujo de trabajo ya conocido Equipos necesarios ya disponibles en muchos laboratorios Costo-eficiente en un número corto de variantes a interrogar |
Número limitado de variantes genéticas que permite interrogar Bajo poder de descubrimiento de nuevas variantes Baja escalabilidad |
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Secuenciación de siguiente generación (secuenciación dirigida – targeted sequencing) |
Alto poder de descubrimiento de nuevas variantes Alta escalabilidad a un mayor número de muestras y de variantes genéticas |
Impacto en costo-eficiencia si se elige un número reducido de variantes Impacto en tiempo de ensayo si se elige un número reducido de variantes |
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Alcances |
Desafíos |
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Microarreglos de expresión genética |
Eficiente al detectar la expresión de genes y transcritos conocidos en un cierto periodo de tiempo Eficiente al identificar mutaciones puntuales, variantes estructurales y/o ensayos específicos de metilación Escalable a un alto número de muestras mensuales y anuales a caracterizar |
Requiere sondas de hibridación específicas para cada secuencia objetivo Bajo poder de descubrimiento de nuevas variantes Menor rango dinámico en la medición de expresión genética (103) debido a saturación de la señal e interferencias de fondo Menor sensibilidad ante transcritos de baja expresión y/o de baja abundancia |
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Secuenciación de siguiente generación (transcriptómica– RNA-seq) |
Mayor poder resolutivo al describir perfiles de expresión completos Alto poder de descubrimiento de nuevos transcritos, fusiones de genes, variantes de un solo nucleótido, indels y cambios estructurales desconocidos Mayor rango dinámico en la medición de expresión genética (>105) Mayor especificidad y sensibilidad ante genes expresados, transcritos de baja expresión y/o de baja abundancia |
Impacto en costo-eficiencia si se elige un número reducido de variantes Impacto en tiempo de ensayo si se elige un número reducido de variantes |
Es posible utilizar los datos y resultados de qPCR para realizar la transición a microarreglos y de estos a secuenciación de siguiente generación, ¿quieres saber cómo hacerlo, solicita una asesoría gratuita y sé parte de la Era de la Genómica con nosotros, porque sabemos que tú puedes cambiar al mundo, en Analitek...
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