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Actualización del COVID Ómicron en base al NGS

Variante Ómicron

Quedan muchas preguntas sobre el desempeño de los ensayos existentes para los esfuerzos de vigilancia de la salud pública…

Aunque las noticias sobre COVID en estos días se han centrado en la nueva variante de preocupación de Omicron, la variante Delta aún representa el 99% de los casos de COVID en todo el mundo.

Quedan muchas preguntas sobre el desempeño de los ensayos existentes para los esfuerzos de vigilancia de la salud pública. Mientras seguimos obteniendo más información sobre el rendimiento de nuestra propia prueba y ensayo COVIDSeq™ (RUO), a continuación, se encuentran los puntos clave que nos gustaría compartir.

¿Se puede identificar la variante de Omicron usando la aplicación DRAGEN™ COVID Lineage usando COVIDSeq?

  • La aplicación DRAGEN COVID Lineage se basa en la versión más reciente de Pangolin e informará la variante Omicron (B1.1.529).
  • Según datos limitados de clientes de Australia y Sudáfrica, los grupos de cebadores v3 incluidos en la prueba COVIDSeq 3072 y el ensayo COVIDSeq 96 con el análisis de la aplicación DRAGEN COVID Lineage permitieron identificar la variante de Omicron con una cobertura del genoma del '% de bases no N' de más del 95%. Aún no se han publicado datos sobre el rendimiento de los cebadores v4 para Omicron.
  • Según el análisis in-silico, se espera que el grupo de cebadores V4 cubra el genoma variante de Omicron. Sin embargo, el análisis in-silico indica que el amplicón 76 puede verse afectado debido a mutaciones del virus en el sitio de unión del cebador. Según nuestro análisis in-silico, la variante de Omicron aún debe identificarse a pesar de la baja cobertura sobre el amplicón 76. Los estudios de validación están en curso y los datos experimentales que utilizan grupos de cebadores V4 aún no están disponibles para el análisis.

¿Se están actualizando los cebadores para Omicron?

  • La comunidad ARTIC publicó recientemente una combinación de cebadores para mejorar el grupo de cebadores ARTIC-V4 en respuesta a la variante de Omicron (artic.network/.../sars-cov-2-v4-1.../ 342). En esta etapa, ILMN aún no ha validado estos cebadores adicionales como complemento para el grupo de cebadores ILMN V4. Consideraremos integrar los cebadores adicionales en el grupo de cebadores ILMN V4 si el rendimiento demuestra un beneficio para caracterizar la variante de Omicron sin afectar el rendimiento de otras variantes.
  • Los grupos de cebadores V4 lanzados recientemente se han diseñado para mejorar la cobertura de las variantes recientes, como delta, y la cobertura del gen Spike. Los grupos de cebadores V4 no incluyen cebadores para genes de control humanos, lo que maximiza las lecturas que cubren el genoma del virus.

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Si Delta es el 99% de los casos, ¿por qué se envían tantas secuencias de Omicron? ¿Por qué Omicron se ve tan frecuente recientemente?

  • Al igual que la variante Alpha, Omicron ha mostrado evidencia de la eliminación H69-V70. Esta eliminación provoca fallas en el gen S en algunos ensayos de qPCR. El más notable es el ensayo Thermo (*ver más aquí*). Debido a esta conciencia, muchos laboratorios pueden detectar las pérdidas del gen s y secuenciar preferentemente estas muestras.

Recuerda mantenerte informado, para más información contáctanos al correo genomics@analitek.com, donde resolveremos cada una de tus dudas.

Referencias:

fda.gov/medical-devices/coronavirus-covid-19-and-medical-devices/sars-cov-2-viral-mutations-impact-covid-19-tests

Illumina inc.

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