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¿Cómo comenzar con la secuenciación single cell adecuadamente?

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Tomando de referencia los seminarios proporcionados por 10x Genomics, el día de hoy te hablaremos de las principales preguntas en base a la secuenciación single cell.

Antes te hemos hablado de la nueva tecnología 10x Genomics, el Chromium X, un equipo que nos ayuda a analizar cientos y cientos de miles de células en una sola ejecución, lo que hace que millones de estudios de células sean una rutina y esto es gracias a su tecnología patentada Next GEM. En base a esto y varios seminarios enfocados en el equipo, surgieron varias preguntas en base al uso del equipo y las aplicaciones que puede tener. Es por esto que te traemos una sección de preguntas y respuestas para conocer más el equipo.

¿Qué tipos de análisis celulares puedo realizar utilizando un enfoque de single cell?

El transcriptoma de una sola célula a menudo puede contener la clave de la identidad y función celular. Por lo tanto, medir la expresión génica con resolución de una sola célula es un enfoque poderoso para diseccionar la heterogeneidad celular de muestras complejas, y es una técnica fundamental de una sola célula que ha transformado la ciencia en los últimos años.

La expresión génica de una sola célula ayuda a acceder al "qué", pero a veces es importante dar un paso atrás y buscar el "cómo". Por ejemplo, ¿cómo se controla la expresión génica? Si está interesado en la accesibilidad de la cromatina y cómo puede regular la expresión génica, Chromium Single Cell ATAC (Ensayo para cromatina accesible por transposasa) lo ayuda a identificar regiones de cromatina abierta en el genoma dentro de células individuales.

A través de la multiómica de una sola célula, el análisis y la integración de conjuntos de datos de diferentes grupos ómicos, los científicos pueden medir múltiples características celulares de la misma fuente única, además de la expresión génica del transcriptoma completo.

Si bien no es una lista completa de las tecnologías de 10x Genomics, puede ver que hay varias opciones diferentes según cuáles sean sus objetivos experimentales.

¿Cuáles son algunas de las ventajas y desventajas de los diferentes enfoques single cell?

Los ensayos de 10x Genomics son ciertamente solo uno de los muchos enfoques diferentes para el análisis de células individuales. Por ejemplo, existen enfoques basados ​​en placas y ​​en micropocillos. Estos enfoques suelen tener un rendimiento más bajo en comparación con el rendimiento proporcionado por los productos 10x Genomics, que se basan en microfluidos. Otro enfoque, llamado código de barras combinatorio, le permite aumentar la cantidad de células que se pueden analizar, pero utiliza un flujo de trabajo intensivo de pipeteo y que consume más tiempo.

¿Cómo empiezo a planificar mi primer experimento unicelular?

Hay una serie de consideraciones cuando se encuentra en las primeras fases de planificación, pero la preparación de la muestra es un punto de partida importante. Una cosa a tener en cuenta es el tipo de muestra con el que está trabajando. ¿Es tejido, una suspensión de células o sangre entera? ¿Requiere pasos de disociación, enriquecimiento o limpieza? Además, debe considerar el número requerido de muestras por condición experimental y si se necesitan o no repeticiones técnicas.

Centrándose en muestras individuales, debe considerar cuántas celdas son necesarias por muestra para obtener los resultados que desea, lo que también informará su enfoque para el enriquecimiento, la limpieza y el control de calidad de la muestra.

A partir de estas consideraciones iniciales, puede encontrar los protocolos adecuados para sus muestras y objetivos experimentales. Puedes hablar con un miembro de nuestro equipo de soporte técnico, para apoyarte a profundidad sobre el tema genomics@analitek.com.

Estoy empezando con un pequeño número de células. ¿Hay alguna cosa específica que deba tener en cuenta?

Es muy importante tener en cuenta la cantidad de celdas con las que comienza, especialmente al considerar los métodos de limpieza para la preparación de muestras. Algunos métodos de limpieza, como la centrifugación por densidad o la eliminación de células muertas, requieren un número de células inicial más alto e incurren en una pérdida significativa de muestras. Si está trabajando con una muestra limitada, podría ser mejor hacer algunos lavados y centrifugados en lugar de invertir tiempo en hacer una limpieza más compleja que podría correr el riesgo de perder la muestra.

También puede ser posible realizar la clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS) para retener más células. La pérdida de muestra estará determinada por el porcentaje de células muertas presentes en su muestra y la población de células que puede estar tratando de enriquecer.

También tenemos recomendaciones sobre cómo clasificar directamente en uno de los tampones y, posteriormente, ejecutar la muestra en nuestros ensayos de células individuales. Esta podría ser una estrategia útil para clasificar muestras de entrada baja.

Recuerda que si requieres más información puedes contactarnos de forma directa, no te pierdas nuestros seminarios en línea gratuitos, sigue nuestro canal de youtube Analitek life

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