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Principio básico del kit Nextera flex

Bien decíamos que a pesar de los avances en la secuenciación de nueva generación, nos encontrábamos con cuellos de botella durante la fase de preparación de bibliotecas del flujo de trabajo de NGS. La solución que te presentamos es el kit Nextera flex, del cual hoy hablaremos de su principio básico de funcionamiento.

Sabemos que muchos de los laboratorios, no realizaban ciertos procesos previos y posteriores que se requieren para obtener los datos confiables que se requieren, para evitar este problema los kit´s de preparación de bibliotecas de ADN Nextera se introdujeron los procesos químicos de tagmentación, que combinaban los pasos de fragmentación de ADN y de ligadura de adaptadores en una única reacción de 15 minutos, con lo que se redujo el tiempo de preparación de bibliotecas a 90 minutos. Con el lanzamiento de los kits de preparación de bibliotecas de ADN Nextera XT, dejó de ser necesario cuantificar las bibliotecas antes de agruparlas y secuenciarlas.

Ahora bien cómo nos ayuda el kit Nextera, bien como dicen por ahí, comencemos por el principio. Hablemos de la preparación de las bibliotecas de ADN:

Tabla 1: Especificaciones de la preparación flexible de bibliotecas de ADN de Nextera

 

Kit flexible de ADN Nextera

 

Tipo de extracción de ADN

ADN, sangre, saliva, amplicones de PCR, plásmidos y gotas de sangre seca

 
 

Cantidad de ADN de entrada necesaria

1-500 ng para genomas pequeños, 100-500 ng para genomas grandes

 
 

Multiplexado de muestras

24 índices individuales y 96 índices dobles

 
 

Sistema de secuenciación compatibles

Todos los sistemas de Illumina

 

Duración total del flujo de trabajo de preparación de bibliotecas (ADNg)a

De 3 a 4 horas

 

a. Se incluyen los pasos de extracción de ADN, preparación de bibliotecas, y normalización y agrupación de bibliotecas.

 
 

Podemos observar que además de ofrecer un flujo de trabajo rápido, el kit flexible de preparación de bibliotecas de ADN Nextera proporciona una extraordinaria flexibilidad en cuanto a los tipos y cantidades de entrada, y permite aplicaciones muy variadas. Desde la secuenciación del genoma humano completo (WGS) hasta pequeños plásmidos microbianos, el kit flexible de preparación de bibliotecas de ADN Nextera ofrece una cobertura uniforme del genoma con la precisión demostrada de los procesos químicos de secuenciación por síntesis (SBS) de Illumina.

Ahora bien, el exclusivo proceso químico del kit flexible de preparación de bibliotecas de ADN Nextera integra los pasos de extracción y fragmentación de ADN y los de preparación y normalización de bibliotecas, para ofrecer los flujos de trabajo más rápidos y flexibles de la gama de soluciones de preparación de bibliotecas. Su proceso químico es una ventaja importante ya que el proceso de tagmentación en bolas, en el que se utilizan transposomas vinculados por bolas para conseguir una reacción más uniforme de dicho proceso en comparación con las reacciones de tagmentación en la propia solución. Una vez que los transposomas vinculados por bolas se saturan de ADN, no se pueden realizar más procesos de tagmentación, lo que permite que el proceso de normalización por saturación sea extremadamente uniforme. De forma resumida y en pasos podemos decir que el principio básico del proceso químico es:

  • Los transposomas vinculados por bolas actúan como mediadores entre la fragmentación simultánea de ADNg y la adición de cebadores de secuenciación de Illumina.
  • La PCR de ciclo reducido amplifica los fragmentos de ADN listos para la secuenciación y añade índices y adaptadores.
  • Los fragmentos listos para la secuenciación se lavan y se agrupan.

Puedes descargar el Infográfico del principio químico del Nextera flex, dando clic aquí, es completamente gratuito.

En resumen podemos decir que el kit flexible de preparación de bibliotecas de ADN Nextera cuenta con un flujo de trabajo revolucionario que combina la extracción, la cuantificación y la fragmentación del ADN, así como la normalización de bibliotecas, para ofrecer el flujo de trabajo de preparación de bibliotecas más rápido y flexible de la gama de soluciones de Illumina. El flujo de trabajo, de uso sencillo y con posibilidad de automatización, es apto para usuarios de cualquier nivel de experiencia, además de ser común a varios diseños de experimento. Dejando en claro que los procesos químicos de tagmentación en bolas admiten una amplia gama de cantidades de entrada de ADN, diversos tipos de muestras y muchas aplicaciones distintas, incluidas la secuenciación del genoma humano completo, la metagenómica ambiental, la investigación de plantas y animales, el establecimiento de perfiles tumorales entre otros.

Si trabajas en algunas de estas aplicaciones, no esperes más para realizarlas de forma eficiente, porque sabemos que tú puedes cambiar al mundo, no descansaremos hasta lograr que tu proyecto se realice con exitosamente, porque en Analitek…

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Sofía Ramos
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