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Microbiología: Los alcances de la secuenciación de siguiente generación.

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Las tecnologías de secuenciación de ADN han existido desde los años 70. En un principio, el uso de éstas fue costoso, complejo y en ocasiones, hasta peligroso (en el caso de la antigua técnica con sondas radioactivas). Como todo en la Ciencia, año tras año la evolución tecnológica dio paso al desarrollo de la secuenciación por síntesis, el actual fundamento de los secuenciadores de siguiente generación de Illumina.

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Fig.1. Genómica microbiana con Illumina. Videos y Seminarios. Disponible en: Microbial Genomics

Actualmente, el 90% de las publicaciones con métodos de secuenciación reportan el uso de ésta tecnología, destacando su impacto debido al rendimiento masivo en número de muestras y en cantidad de datos. En el campo de la Microbiología, se vuelve probable la sustitución de técnicas tradicionales, ya que han sido tantas las aplicaciones y los alcances que ha tenido la secuenciación NGS, que ya es posible distinguir como Genómica Microbiana a tal disciplina derivada y enfocada en métodos genómicos para el estudio de comunidades microbianas. A continuación, conoce las aplicaciones y los alcances que ha tenido ésta tecnología en la Microbiología.

  1. Identificación microbiana
  2. Diversidad microbiana
  3. Evolución microbiana
  4. Resistencia antimicrobiana
  5. Microbiomas (humanos, animales)
  6. Microbiomas (medioambientales)
  7. Monitoreo de brotes y enfermedades
  8. Inocuidad alimentaria

En estas aplicaciones, el método más común es la secuenciación de genoma completo que suele implicar los submétodos: 1. Resecuenciación (reensamble de secuencias usando un genoma de referencia) o 2. Secuenciación de novo (ensamble completo de un genoma nuevo sin referencia previa). Las técnicas más comunes que suelen utilizarse para estos fines son: secuenciación 16S (microbiomas) y secuenciación shotgun (metagenómica), de los cuales hablaremos en próximos blogs.

Dentro de las plataformas de secuenciación Illumina, los sistemas benchtop tienen capacidades que los distinguen para el estudio de comunidades microbianas. Aquí puedes ver una comparación entre ellos:

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Si consideras que éste contenido es de valor para ti te recomendamos compartirlo y seguir las próximas entradas de nuestro Blog Analitek sobre las técnicas de secuenciación 16S y shotgun.

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Monserrath Rodríguez
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