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Inmunología a nivel single-cell: Gene expression + feature barcoding

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En el blog anterior Genómica single-cell y la investigación en cáncer, conociste una de las aplicaciones de mayor impacto que ha tenido la secuenciación a nivel de células individuales. Hoy, adéntrate a las aplicaciones en inmunología a nivel single-cell.

Cada sistema biológico está descrito por procesos de diferenciación tan diversos entre ellos que origina células con funciones específicas. Con la evolución de las técnicas en microscopía y en citometría de flujo, estas diferencias entre células pudieron ser abordadas de manera más objetiva.

Con la llegada de la secuenciación de siguiente generación, los métodos transcriptómicos (RNA-Seq) han permitido establecer los niveles de expresión genética en muestras heterogéneas como la sangre periférica y los tumores. Sin embargo, en estos métodos la heterogeneidad celular se evalúa en forma de bulk, sin considerar que existen poblaciones y sub-poblaciones celulares que al ser minoritarias y/o diferentes a las demás suelen ser enmascaradas por otras de mayor proporción.

Es esta misma heterogeneidad lo que condujo al desarrollo de la tecnología single-cell, permitiendo caracterizar y describir célula-por-célula a todas las poblaciones celulares presentes en una muestra heterogénea.

Actualmente, la secuenciación de RNA (cDNA) a nivel single-cell (scRNA-seq) se emplea en estudios inmunológicos que buscan resolver procesos clave en el desarrollo y la diferenciación celular, desentrañar rutas críticas de hematopoyesis, comprender redes regulatorias que predicen la función inmune, reconocer la variabilidad celular en el embarazo y describir el sistema inmune en los distintos tipos de cáncer y en enfermedades infecciosas y autoinmunes.

Conoce a continuación las 3 aplicaciones que mediante la tecnología de 10x Genomics te permiten adentrarte a la inmunología a nivel de células individuales:

Gene expression + Immune profiling + Feature Barcoding:

Permite interrogar repertorios de cientos a miles de células T y B a través del análisis simultáneo de expresión genética, de clonotipos V(D)J, de proteínas de superficie y de especificidad de antígenos provenientes de una misma célula que forma parte de una única suspensión celular.

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Figura 1. Preparación de 3 genotecas a partir de 1 suspensión celular en inmunología single-cell.

Disponible en: Website 10x Genomics, Redefining Cellular Phenotyping

¿Cómo funciona?: Mediante el marcaje de proteínas de superficie celular con anticuerpos conjugados que contienen un código de barras de ADN (en lugar de los tradicionales anticuerpos conjugados con un fluoróforo) e integrando en una sola lectura las mediciones de proteínas de superficie y los transcriptomas resultantes.

 

fig 2

Figura 2. Flujo de trabajo con células sorteadas por citometría.

Disponible en: Website 10x Genomics, Redefining Cellular Phenotyping

fig3

Figura 3. Flujo de trabajo con suspensión celular para secuenciación single-cell (3-en-1).

Disponible en: Website 10x Genomics, Analysis of Multiple Library Types

Si quieres conocer más, te invitamos a visitar los contenidos introductorios: Aplicaciones En Genómica Single-Cell y Guía rápida para la planeación inicial de experimentos single-cell.
Para recibir una asesoría, para configurar tu aplicación de interés o para realizar tu propio experimento de genómica single-cell, escríbenos al correo genomics@analitek.com.


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Genómica single-cell y la investigación en cáncer
Microbiología: Los alcances de la secuenciación de siguiente generación.

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Monserrath Rodríguez
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