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Genotipificar: aplicaciones con microarreglos

Microarreglos-Illumina website

Los microarreglos son microchips en cuya superficie sólida se encuentran sondas inmovilizadas que se hibridan a secuencias presentes en una muestra de interés.

Microarreglos-Illumina websiteSon particularmente útiles para la detección de secuencias de interés que son homólogas a lo que existe diseñado en el microarreglo, por tanto, su uso se limita a la genotipificación de variantes conocidas en un cierto periodo de tiempo.

En anteriores entradas de nuestro blog, te platicamos de las técnicas disponibles para genotipificación (Genotipificación: Del qPCR a los microarreglos y la secuenciación NGS) así como la discusión de cuándo elegir microarreglos, cuándo secuenciación de siguiente generación y cuándo combinar ambas técnicas (¿Microarreglos o secuenciación? ¿Cómo elegir?). Ahora te presentamos las aplicaciones de alta escalabilidad (alto número de muestras o poblaciones de organismos) mediante microarreglos Illumina.

 

Genotipificación humana (Human genotyping)

Evaluación de un alto contenido de marcadores en genoma completo y/o mediante secuenciación dirigida que permiten asociar variantes genéticas con rasgos complejos en grandes poblaciones.

Genotipificación no humana (Non-human genotyping)

Estudios de asociación genotipo-fenotipo para toma de decisiones en selección genómica de rasgos de interés en animales y plantas.

Análisis de metilación (Methylation analysis)

Estudios de asociación entre regulación genética y condiciones o enfermedades (EWAS - epigenome-wide association studies)

Genotipificación en genoma completo

(Genome-wide genotyping)

Evaluación de millones de marcadores en genoma completo que permiten asociar variantes genéticas con rasgos complejos en un alto número de muestras en grandes poblaciones.

Genotipificación dirigida (Targeted genotyping)

Detección de un menor número de genes y/o regiones genómicas ya identificados en un alto número de muestras.

Genotipificación personalizada

(Custom genotyping)

Detección de genes o regiones genómicas poco estudiadas o de reciente descubrimiento en un alto número de muestras en grandes poblaciones.

En la siguiente herramienta puedes conocer los microarreglos que se encuentran ya diseñados y listos para su uso en las diferentes aplicaciones de genotipificación.

Gene Panel & Array Finder

  1. Selecciona la opción Microarrays
  2. Selecciona la especie de interés
  3. Selecciona el producto de interés
  4. Conoce las especificaciones
  5. Solicita una propuesta de inversión

Si en la herramienta anterior no logras obtener un microarreglo para tu aplicación, en la siguiente puedes diseñar el microarreglo de tu interés para después solicitar una propuesta de inversión.

Microarray Assay Designer

  1. Registra una cuenta en DesignStudio (gratis)
  2. Selecciona Start New Design
  3. Selecciona Infinium iSelect
  4. Nombra y describe tu diseño del microarreglo
  5. Selecciona la especie de interés
  6. Sube el archivo de secuencias objetivo
  7. Solicita el diseño del microarreglo
  8. Solicita una propuesta de inversión

Espera nuestro siguiente blog: Genotipificar mediante secuenciación de siguiente generación.

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Genotipificar mediante secuenciación de siguiente generación

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Monserrath Rodríguez
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