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Genotipificación: Del qPCR a los microarreglos y a la secuenciación NGS

Genotipificar o genotipar se entiende como el proceso de caracterización genética específica de un organismo biológico, esto mediante la determinación del genotipo o variantes genéticas presentes.

La forma más común de variación genética son los polimorfismos de un solo nucleótido o SNP, además de las variaciones en número de copias - CNV, y/o los cambios estructurales en el ADN como inserciones y deleciones (indels).

De manera general, son 3 las técnicas que permiten determinar el genotipo de un organismo: la PCR cuantitativa o qPCR, los microarreglos y la secuenciación de siguiente generación. Los alcances y los desafíos de éstas técnicas experimentales se presentan a continuación:

 

Alcances

Desafíos

qPCR

Flujo de trabajo ya conocido

Equipos necesarios ya disponibles en muchos laboratorios

Costo-eficiente en un número corto de variantes a interrogar

Número limitado de variantes genéticas que permite interrogar

Bajo poder de descubrimiento de nuevas variantes

Baja escalabilidad

Secuenciación de siguiente generación (secuenciación dirigida – targeted sequencing)

Alto poder de descubrimiento de nuevas variantes

Alta escalabilidad a un mayor número de muestras y de variantes genéticas

Impacto en costo-eficiencia si se elige un número reducido de variantes

Impacto en tiempo de ensayo si se elige un número reducido de variantes

 

 

Alcances

Desafíos

Microarreglos de expresión genética

Eficiente al detectar la expresión de genes y transcritos conocidos en un cierto periodo de tiempo

Eficiente al identificar mutaciones puntuales, variantes estructurales y/o ensayos específicos de metilación

Escalable a un alto número de muestras mensuales y anuales a caracterizar

Requiere sondas de hibridación específicas para cada secuencia objetivo

Bajo poder de descubrimiento de nuevas variantes

Menor rango dinámico en la medición de expresión genética (103) debido a saturación de la señal e interferencias de fondo

Menor sensibilidad ante transcritos de baja expresión y/o de baja abundancia

Secuenciación de siguiente generación (transcriptómica– RNA-seq)

Mayor poder resolutivo al describir perfiles de expresión completos

Alto poder de descubrimiento de nuevos transcritos, fusiones de genes, variantes de un solo nucleótido, indels y cambios estructurales desconocidos

Mayor rango dinámico en la medición de expresión genética (>105)

Mayor especificidad y sensibilidad ante genes expresados, transcritos de baja expresión y/o de baja abundancia

Impacto en costo-eficiencia si se elige un número reducido de variantes

Impacto en tiempo de ensayo si se elige un número reducido de variantes

Es posible utilizar los datos y resultados de qPCR para realizar la transición a microarreglos y de estos a secuenciación de siguiente generación, ¿quieres saber cómo hacerlo, solicita una asesoría gratuita y sé parte de la Era de la Genómica con nosotros, porque sabemos que tú puedes cambiar al mundo, en Analitek...

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Conceptos experimentales en secuenciación
¿Microarreglos o secuenciación?, ¿Cuál seria la mejor opción para mi proyecto?

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Monserrath Rodríguez
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