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¿Cómo lidiar con los retrasos significativos en el proceso de secuenciación?

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Aunque los avances que presenciamos en la tecnología de NGS han acelerado el ritmo de la investigación genómica, numerosos laboratorios siguen experimentando cuellos de botella durante la fase de preparación de bibliotecas del flujo de trabajo de NGS. Es por eso el tema de hoy, ¿Cómo podemos lidiar estos cuellos de botella?, vamos juntos a encontrar la solución.

Muchos laboratorios en los que hacen falta varios pasos previos y posteriores a la preparación de bibliotecas tienen que lidiar con retrasos significativos en el proceso de secuenciación. Entre los pasos previos a la preparación de bibliotecas encontramos:

Mientras que en los pasos posteriores podemos encontrar:

Para evitar la mayoría de estos conflictos es necesario la aplicación de kit´s de preparación de bibliotecas de ADN. Uno de los kit´s más avanzados presentes en el mercado, es el kit Nextera flex de Illumina, esto es debido a que introdujeron los procesos químicos de tagmentación (este proceso consiste en la fragmentación del DNA en pedazos de 300 pb y su etiquetado con secuencias adaptadoras en un solo paso, realizado por medio de un complejo enzimático), que combinaban los pasos de fragmentación de ADN y de ligadura de adaptadores en una única reacción de 15 min, reduciendo el tiempo de preparación de bibliotecas a 90 minutos.

Puedo afirmarte que con el lanzamiento de los kits de preparación de bibliotecas de ADN Nextera XT, dejó de ser necesario cuantificar las bibliotecas antes de agruparlas y secuenciarlas. ¿Cómo es posible esto?

Bien pues como mencionábamos anteriormente, una ventaja importante de los procesos químicos de este kit es el proceso de tagmentación en perlas, en el que se utilizan transposomas vinculadas por perlas para conseguir una reacción más uniforme de dicho proceso en comparación con las reacciones de tagmentación en la propia solución. Una vez que los transposomas vinculados por perlas se saturan de ADN, no se pueden realizar más procesos de tagmentación, lo que permite que el proceso de normalización por saturación sea extremadamente uniforme. Podemos ver que las propiedades del proceso de tagmentación en perlas han hecho posible importantes mejoras en el rendimiento de la preparación de bibliotecas. El kit flexible de preparación de bibliotecas de ADN Nextera produce fragmentos con un tamaño extremadamente uniforme y homogéneo (300-350 pb) en un amplio rango de entrada de ADN (1500 ng). Dado que el proceso de tagmentación en perlas permite generar fragmentos de tamaño uniforme en un amplio rango de entrada, se ha suprimido la necesidad de optimizar con cautela la relación entre transposomas y ADN como forma de controlar la longitud de los fragmentos.

Más allá de las mejoras en el flujo de trabajo que favorece la tecnología basada en bolas, la ventaja más significativa de tener tamaños de fragmento y rendimiento de bibliotecas homogéneos y uniformes es que la cobertura del genoma humano y del de especies no humanas es más regular y uniforme. Los genomas uniformes con alto o bajo contenido de cobertura del GC extraordinariamente coherente sin tendencia específica de ninguna zona.

Ahora bien la mayor ventaja que puede tener el kit flexible de preparación de bibliotecas de ADN Nextera es la facilidad que ofrece al poder usarse en una amplia gama de aplicaciones y campos de investigación de interés. Ya que permite la secuenciación del genoma humano completo, la investigación genómica del cáncer, la metagenómica ambiental, la investigación de enfermedades infecciosas, la agrigenómica etc., podrás observar sus aplicaciones de forma mas detallada en la figura 1.

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Figura 1: Aplicaciones del Kit Nextera flex

Si realizas secuenciaciones de genomas grandes y complejos, genomas pequeños, plásmidos, amplicones, bacterias grampositivas o gramnegativas, hongos o distintas especies de animales y plantas, el kit flexible de preparación de bibliotecas de ADN Nextera ofrece una cobertura genómica completa. El flujo de trabajo flexible y de uso sencillo para los usuarios se adapta a diversos niveles de experiencia, numerosas aplicaciones y diversos tipos de entrada de muestras. Si requieres de más información contáctanos te apoyaremos a resolver cada uno de los problemas que se presenten, porque sabemos que tú tienes el poder de cambiar al mundo lograremos cada uno de tus proyectos, ya que en Analitek…

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