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Co-infecciones: infección de múltiples patógenos y su detección

Se define como coinfección a la infección producida en un huésped por múltiples especies de patógenos de forma simultánea. En virología, una coinfección incluye también a la infección de una misma célula por dos o más partículas virales.

Ante la actual pandemia por coronavirus SARS-CoV-2, se puede anticipar la posibilidad de coinfección por este virus con otros patógenos respiratorios comunes. No se ha demostrado que la presencia de una coinfección represente mayor morbilidad o mortalidad, pues depende de los patógenos asociados.

Evidencia de esto se puede consultar en los reportes de Khodamoradi Z. et al., 2020 y Xing Q. et al., 2020. Como ejemplo, Wu X. et al., 2020 registran un caso de coinfección en un paciente con síntomas de neumonía y diagnóstico inicial negativo para virus SARS-CoV-2 y positivo para virus influenza A. Después de un empeoramiento clínico progresivo, solo se logró obtener una muestra positiva a SARS-CoV-2 a través de broncoscopia.

Entonces, es posible afirmar que la presencia de múltiples patógenos asociados en el mismo paciente disminuye la sensibilidad de detección del virus SARS-CoV-2 en el tracto respiratorio superior, lo cual puede complicar la identificación de pacientes infectados por este virus, retrasando de esta manera su tratamiento adecuado.

En términos de metodologías para la detección de SARS-Cov-2, se reconoce a la RT-PCR como la prueba estándar mediante la identificación de 1, 2 o 3 regiones del genoma, sin embargo, ante la presencia de coinfecciones, esta prueba NO logra más allá de un falso resultado negativo ante COVID-19.

Por esto, se esperan dos acciones por parte de los proveedores de kits para la detección del virus: 1. mejorar la sensibilidad de detección reflejado en el orden de magnitud (copias/mL); y 2. generar paneles de sondas que incluyan regiones de otros virus respiratorios conocidos.

Si esto no ocurre y el proveedor oferta el mismo insumo, la posibilidad de falsos negativos sigue vigente y con ello, el manejo equivocado de un paciente positivo a SARS-CoV-2.

Por otro lado, la identificación inequívoca de los patógenos asociados en una coinfección es posible al decodificar partes del genoma o el genoma completo de cada patógeno presente en la misma muestra, y aquí, la secuenciación de siguiente generación desempeña el papel principal.

El pasado 20 de octubre, la empresa líder en NGS – illumina – realizó el lanzamiento de su nuevo panel respiratorio Respiratory Pathogen ID/AMR Panel (RPIP), que incluye la detección simultánea de hasta 280 patógenos más 16 especies resistentes a antibióticos, entre los cuales se encuentran hongos, bacterias y virus.

En aproximadamente 24 horas, este panel cubre los genomas completos de SARS-Cov-2 y de virus de influenza conocidos, además de regiones para otros patógenos como Mycoplasma pneumonie, Streptococcus pneumonie, Haemophilus influenza, Candida spp, y de cepas resistentes a beta-lactamasas, tetraciclinas, meticilina y ciprofloxacina.

Con el panel se incluye la aplicación de software Explify RPIP el cual hace entrega de un reporte con resultados inmediatos para las detecciones positivas de los patógenos presentes.

Te compartimos a continuación la comparación entre la detección por RT-PCR y NGS illumina:Descarga el PDF de la tabla dando clic aquí

Así, la detección y el reporte de casos de coinfección por virus respiratorios conocidos permitiría generar una respuesta primaria a la infección de mayor poder infectivo, en este caso, asociada a pacientes positivos a SARS-Cov-2 no detectados a tiempo. De esta forma, se lograría evitar el agravamiento del cuadro y una posible fatalidad.

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Referencias:

  • [1] Khodamoradi Z et al. Khodamoradi, Z., Moghadami, M., & Lotfi, M. (2020). Co-infection of coronavirus disease 2019 and influenza: a report from Iran. Arch Iran Med. 2020;23(4): 239-243. doi:10.34172/aim.2020.04
  • [2] Xing, Q., Li, G. J., Xing, Y. H., Chen, T., Li, W. J., Ni, W., ... & Li, Q. (2020). Precautions are needed for COVID-19 patients with coinfection of common respiratory pathogens. doi: 10.1101/2020.02.29.20027698
  • [3] Wu, X., Cai, Y., Huang, X., Yu, X., Zhao, L., Wang, F., ... & Lu, B. (2020). Co-infection with SARS-CoV-2 and influenza A virus in patient with pneumonia, China. Emerging infectious diseases, 26(6), 1324. doi: 10.3201/eid2606.200299

 

 

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